/private/var/mobile/Applications/xxx/Library/
/private/var/mobile/Applications/xxx/Documents/
の部分を書き戻せば大抵ＯＫでした。

ただxxxの部分はインストール毎に変わるので面倒です…
以下は塊魂復旧手順例。

1)新iPhoneの塊魂を起動してセーブデータファイルを作らせる。アプリ終了。

2)新iPhoneの塊魂の場所を探す。(xxxの部分を判明させる=x1x1x1）
find /private/var/mobile/Applications/* -name *katama*

3)その中にのセーブファイルっぽいファイル名を見つける。

4)そのファイル名を元にバックアップからファイルを探す。(xxxの部分を判明させる=x2x2x2)
find /private/var/root/backup/* -name savedata.*

4)コピーする。
cp -r /private/var/root/backup/private/var/mobile/Applications/x2x2x2/** /private/var/mobile/Applications/x1x1x1/

超面倒だけど…できなくはないってことで。

そのうち誰かが作ってくれると思いますが…
誰も作らなかったら標準的なバックアップ、リストアスクリプトでも考えますので期待せずにお待ち下さい。

また上記バックアップを用いてMxTubeの動画、Cycorderで撮った動画、SMS送受信内容などを書き戻せました。
上記スクリプト例に含まれている以下は確実に必要ないことも判明しました。
#Cycorder.app(いらないかも)
+ /private/var/Applications/Cycorder.app/
+ /private/var/Applications/Cycorder.app/Info.plist

着信音領域を消すとは…漢です！

以下にも書きますがディレクトリによってはiPhone再起動しなくなるので、
明らかなゴミだとわからない時はいじらない方が良いですねぇ。

#今後このコメントを閲覧される方向け…
/private/var/stashApplications.xxxの古いのはたぶん大丈夫でしょうが…
ディレクトリによってはバックアップあってもiPhone再起動しなくなるのでお気を付けください。
/System,/Libraryあたりはとにかく危険度高いです。

今回はとりあえず重いフォルダをバックアップとってから消してみました。
デフォルトの着信音が消えたのには焦りましたが（バックアップは大事ですねｗ）
今は問題なく動作しています＾＾

回答頂きまして有難う御座いました！

たとえば…
1)バックアップする
2)Applications.xxx/YouTube.app/を消してみる。
3)再起動
4)YouTube起動するなら他のディレクトリも消しちゃう
とかで戻せるようにしながらやったらいかがでしょう。